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经过短暂修整和准备，万历十六年四月十六日，朱翊钧着天子冠服，率太子、文武百官过泮水桥自棂星门进入孔庙，以帝王之尊祭孔。天子祭天，先拜棂星，孔庙建此门意思很简单——尊孔如尊天。
此际的棂星门乃木制结构，四楹三间，雕梁画栋不必细表。进此门后，三座牌坊依次而立。
朱翊钧抬头看时，第一座牌坊为嘉靖时任山东巡抚曾铣手书的太和元气坊。点头对太子叹道：“写此牌坊的是曾铣，曾石塘，你可知他的事迹？”
太子露出不好意思的表情答道：“儿臣不知。”
因没有详细解说的时间，朱翊钧只是做出结论道：“曾铣志在立功，身遭重法，虽有严嵩等辈构陷的原因，也有世宗做事虎头蛇尾，诿过于下的缘故。”
旁边众臣听了，面面相觑。听朱翊钧对太子道：“为人君者，谋定而后动，动则不移。如今变法大兴，与父皇与中兴郡王两个一直初心不改的推动分不开。如果遇到困难就想着绕道，那什么事情都做不成。”太子躬身应了，众臣这才恍然，心知这是皇帝在抓住时机宣示变法大政，同时教导太子。
君臣边走边看，见各处桥梁阶级，焕然鼎新，杏坛碑额，彩绘描金。殿阁规模壮丽，工艺精致，足称瞻仰。
朱翊钧对衍圣公和山东巡抚李戴道：“朕此番祭孔，决定突然，你们在这么短的时间内准备的如此周全，足见平日里功夫下到了。”两人听玉音褒奖，忙躬身谢恩。
及到了大成殿前广场，皇帝携太子到侧边寝殿休息，大臣按序排班，内臣与衍圣公府整理祭品，并舞班、乐师俱都做好了准备。待吉时一到，祭孔大典开始。
首开帝王祭孔的是汉高祖刘邦。公元前195年，汉高祖刘邦过鲁，以太牢祀孔子，并诏诸侯、公、卿、将、相至郡，先谒庙而后从政。刘邦不但开后世帝王祭孔之先河，而且开了后世帝王令地方长官上任前先谒孔庙后从政之先河，有点任前宣誓就职的意思。
刘邦之后，到过曲阜孔庙祭孔的大概有十几位皇帝，离朱翊钧最近的是拉低了封禅泰山档次的宋真宗，明代皇帝从没有来过孔庙本庙祭孔。
因此，典礼仪式只能参考前代——汉高祖、光武帝、唐高宗、唐玄宗这些皇帝的祭礼：无非具三牲，天子用八佾的乐舞，演奏金声玉振，古朴悠扬的韶乐，吟唱孔子德侔天地、道贯古今的颂词，走迎神、初献、亚献、终献、撤撰、送神这些流程而已。
唯一要请皇帝定夺的，就是朱翊钧是否跪
