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萧远清任东番民政主事，主管防区民事和城内防务；萧宏运任海防财政主事，主管防区财政；齐六任海防澎湖千总，驻守澎湖；贝尼托则担任海防大臣顾问。
早已从马尼拉回来的雷蒙德被任命为海关税务总监，负责配合齐六设卡收税；杨一龙任海防团结城千总，驻守团结城；马三任海防衙门游击将军，青山任陆战炮营千总，小钟任海防大臣近卫队把总。
原来的辽东出身的家丁刘良栋因训练骑兵得力，被任命为海防衙门骑兵营把总。同时以朝廷名义任命各迁徙聚集垦荒的村镇乡老、村长，向高山各部族赐族旗，印章。至此，东番初步以朝廷名义建立管理体系。
被萧震用从京师带来的空白告身任命的一众人都是激动不已，一直以为自己都是干的海上杀人越货的海贼勾当，冷不丁的成了官军，这忠心值倒是蹭蹭上涨。
但萧震知道，这些除了对自己的感激，更多的是对朝廷对大明的忠心。要是自己扯旗造反，原来没有官身时多半还能跟随，这有了朝廷任命后估计不把自己砍了献给朝廷，就算念旧情了。
所以革命尚未成功，自己还得996啊，这可是“福报”。
完成东番军政框架搭建的萧震，马上对原有兵力进行重新扩编和部署。
齐六领500火枪兵驻扎澎湖两主岛堡垒，一级战舰2艘，二级战舰2艘，负责巡访海峡配合雷蒙德对过往船只抽税。
杨一龙领4艘一级战舰防护团结城，另四艘一级战舰加上陆续新造准备开始列装的4艘一级战舰组成镇海舰队，由萧震总领，负责东南海防巡查。
除了调派澎湖的一营五百人全是老兵外，剩余的火枪兵、斧枪兵1300人，同在大陈岛初步训练的两千壮丁中的1700人混编，以老带新，加紧训练，形成战力后改编。
先设三个城防营，包含火枪兵、斧枪兵和岸防炮兵合计1500人，训练后交萧远清负责团结城防；剩余1500人，组建一个400人的骑兵营，两个500人火枪兵营加上原来的荷兰雇佣兵300人组成的外籍营，交马三统管。
同时马三负责后续从大陈岛东番的新兵训练，设立训练营，每批不少于千人。炮营从大陈带来的两千青壮中选三百人扩充到900人，分轻重炮两营分别训练，仍有青山统领；原近卫队扩编至200人由小钟带领不变，但实行轮换制度，分批次依次从各营轮换抽调。
整编的同时，萧震对所属队伍进行了换装，虽然暂时没有甲胄，但大明特色