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尽管在全世界范围内，但特定领域的学者圈是极小的。很自然的真嗣就结识了赤木直子——MAGI系统之母。赤木直子不愧是该领域的天才科学家，为真嗣解答了很多学习障碍。只是身为女人，在感情方面太过执着死脑筋。甚至把这个特点也遗传给了女儿赤木律子，好在律子也继承了母亲的高智商基因。
赤木直子在2008年才完成MAGI的理论基础，真嗣占了先知的优势，很多问题都跟赤木直子通过邮件讨论，甚至在生物电脑上移植多个人格协同交互运算，最后得出结论也是他提出的。尽管这个观点不新鲜，但真嗣通过小Q先做出了一套试验系统，验证了这个理论。
赤木直子在科研方面成就极高，但情商有些欠费。他只把真嗣当做一个优秀的科研伙伴，奉为同行知己，很多问题都很乐意交流，当然在不泄密的前提下。此时她已加入老碇领导的Gehirn(人工进化研究所)，负责生物超级计算机系统的开发。
在赤木直子眼里，真嗣是个优秀的天才，学习理解速度超高。身怀大才却蜗居在一个欧洲小国当业余研究者(这是真嗣伪装的身份)，实在浪费。辛亏赤木直子情商不高没有让情报机构调查他，不然早就露馅了。
这也是真嗣努力伪装的结果，他从不过问赤木直子的工作内容和机构信息，只谈生物计算机领域的问题，纯学术交流很正常。赤木直子也尝试拉拢真嗣入伙Gehirn，真嗣只能以身体残疾为理由拒绝。
真嗣也通过一些试探，想跟她多谈些生活上的事情以拉近关系，不过赤木直子一开始很逃避私人话题。看来她心防很大啊。他费尽九牛二虎之力，在告明身体残疾可能获取了赤木直子的同情心，终于撬开一点缝隙。
她开始倾诉生活上的烦恼，例如忙于工作无暇管教女儿。不过没谈到老碇。
双方不断保持联系，人工智能助手小Q的开发也一直在进行，不断完善。渐渐地，双方的交流逐渐深入，真嗣甚至把一些画作发给赤木直子品评。
可惜赤木直子是个纯粹的科学家，爱好就是研究工作无法品评。真嗣只是营造一个多才多艺的学者形象而已，以提高在赤木直子心中的分量。
如此，在真嗣的努力之下，两人几乎成为无话不谈的朋友。甚至赤木直子坦言老碇的存在。
老碇亲自出马玩弄赤木直子的感情，可怜她一直蒙在鼓里。
真嗣疏不间亲，也不好主动谈及老碇的话题，说老碇的坏话，因为目前为止老碇都没犯什么错
